【AI創薬】【毒性予測】 Toxicophores、QSARを用いた毒性予測【in silico創薬】 - LabCode

2024/03/04 15 users AI創薬 in silico創薬

毒性評価とは 創薬分野における毒性評価は、新しい医薬品の安全性を確認するために不可欠なプロセスです。この評価は、薬が人間に与える潜在的な害を理解し、回避することを目的としています。毒性評価は、通常、薬の開発初期段階で行われ、細胞培養、動物実験、そして最終的には臨床試験を通じて、薬の安全性プロファイ... 続きを読む

【ImageJ】GUI操作で画像解析を行う【画像解析】 - LabCode

2024/02/28 12 users Fiji インス GUI GUI操作 操作

本記事は画像解析ソフトであるImageJおよびFijiのGUIについて解説する記事です。これまで紹介してきたImageJのGUIの画面について改めて解説するので、ぜひ操作してみましょう。 今回はImageJの拡張版であるFijiのGUIについて解説します。ImageJで行う場合も基本的には同様の操作になります。 FijiもしくはImageJのインス... 続きを読む

【物性評価】 SwissADMEを使って物性を予測しよう【in silico創薬】 - LabCode

2024/02/26 12 users 物性 in silico創薬 挙動 分布 薬物

物性評価とは 薬物化合物の物性評価とADME（吸収、分布、代謝、排泄）は、医薬品開発において重要な要素です。物性評価では、化合物の溶解性、安定性、リポフィリシティ（脂溶性）、分子サイズなどの基本的な化学的特性を調査します。これらの物理化学的特性は、薬物の生体内での挙動、すなわちADMEプロセスに直接影響を... 続きを読む

【分子ドッキング】 SwissDockを使ったタンパク質-低分子ドッキング【in silico創薬】 - LabCode

2024/02/21 8 users 分子 薬物 分子ドッキング ターゲット 過程

本記事を進むにあたって、UCSF Chimeraのダウンロードをお願いします。 分子ドッキングとは？ 分子ドッキングは薬物開発において重要な手法です。これは、タンパク質などの大きな分子と小さな分子（潜在的な薬物）との相互作用をコンピュータ上でシミュレートする過程です。分子ドッキングは、薬物がターゲットとなるタ... 続きを読む

【コード付き】非線形の偏微分方程式の数値解法【Python】 - LabCode

2024/02/19 49 users 誤差 冗長化 議論 偏微分方程式 境界条件

本記事では、非線形の偏微分方程式の数値解法について、分かりやすい具体例とともに掘り下げていきます。Pythonを活用したアプローチ方法を学びます。 本記事を通して偏微分方程式の数値解法の1つを会得しましょう！ 注） 差分法の一部の話だけにとどめています。誤差や境界条件などの詳細な議論は冗長化を避けるために... 続きを読む

【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第5/5 章 候補化合物のin silico screening~ - LabCode

2024/02/14 10 users 標的 薬物候補化合物 学習モデル SCREENING 皆さん

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第5章で第4章で作った学習モデルを使ってin silico screeningを行います！ぜひ皆さんもトライしてみて... 続きを読む

【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第4/5 章 予測モデルの作成~ - LabCode

2024/02/12 17 users 標的 薬物候補化合物 SCREENING 皆さん 目的

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第4章で第3章で整形したデータ機械学習モデルを行います！AI創薬っぽくなってきました。ぜひ皆さんも... 続きを読む

【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第3/5 章 機械学習データの整形~ - LabCode

2024/02/07 11 users 標的 薬物候補化合物 SCREENING データ 目的

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第3章で、第1章と第2章で取得したデータの整形を行います！データサイエンティストっぽい泥臭い作業で... 続きを読む

【RNA-seq】RaNA-seqを用いたRNA-seq発現量の定量【バイオインフォマティクス】 - LabCode

2024/02/05 11 users バイオインフォマティクス RNA-Seq 定量 エラー 整え方

ローカル上でRNA-seq解析環境の整え方がわからない方はいませんか？また自分のPCが推奨環境のものではなく、環境依存のエラーに困っている方はいませんか？ そのような方に向けてブラウザ上でRNA-seq解析データの定量ができるRaNA-seqをご紹介いたします。 RaNA-seqを使える様になると自分のPC上でRNA-seq環境を整える必... 続きを読む

【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第2/5章 スクレイピングによる公共データベース（PDB)からの機械学習データを収集~ - LabCode

2024/01/31 30 users SCREENING pdb スクレイピング 標的 AI創薬

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第2章で、スクレイピングによる公共データベース（PDB)からの機械学習の学習データを収集となります。... 続きを読む

【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第1章 公共データベース（ChMBL)からの機械学習の学習データを収集~ - LabCode

2024/01/29 20 users SCREENING 標的 薬物候補化合物 機械学習用 取得

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第1章で、公共データベース（ChEMBL)からのデータを収集となります。機械学習用のデータの取得ができ... 続きを読む

【GEE】ランダムフォレストで土地被覆分類を行う【衛星データ解析】 - LabCode

2024/01/24 32 users Gee 地表 水域 ランダムフォレスト 農地

土地被覆分類とは？ 衛星画像や航空写真などのリモートセンシングデータを分析し、地表のさまざまなカバータイプ（例えば、森林、農地、水域、都市地域など）を識別するプロセスです。土地被覆分類は地球環境のモニタリング、土地利用計画、生態系の管理、気候変動の研究など、多くの応用分野で利用されます。 以前の記... 続きを読む

【コード付き】二次元放物形の偏微分方程式の数値解法【Python】 - LabCode

2024/01/10 36 users 誤差 冗長化 議論 偏微分方程式 境界条件

本記事では、二次元放物形偏微分方程式の数値解法について、分かりやすい具体例とともに掘り下げていきます。Pythonを活用したアプローチ方法を学びます。 本記事を通して偏微分方程式の数値解法の1つを会得しましょう！ 注） 差分法の一部の話だけにとどめています。誤差や境界条件などの詳細な議論は冗長化を避けるた... 続きを読む

【コード付き】双曲形の偏微分方程式の数値解法【Python】 - LabCode

2023/12/06 11 users 誤差 冗長化 議論 偏微分方程式 境界条件

本記事では、双曲形偏微分方程式の数値解法について、分かりやすい具体例とともに掘り下げていきます。Pythonを活用したアプローチ方法を学びます。 本記事を通して偏微分方程式の数値解法の1つを会得しましょう！ 注） 差分法の一部の話だけにとどめています。誤差や境界条件などの詳細な議論は冗長化を避けるためにご... 続きを読む

【画像解析】画像データ内の粒子の形状分類・検出【ImageJ】 - LabCode

2023/12/04 21 users プロセス 特定 形状 コンピュータビジョン 機械学習

形状分類について 形状分類（Shape Classification）は、さまざまな形状を識別し、分類するプロセスです。これは、コンピュータビジョン、パターン認識、機械学習などの分野で広く使用されています。形状分類の目的は、画像や物体内の特定の形状を識別し、それらを事前に定義されたカテゴリに分類することです。このプロ... 続きを読む

【コード付き】放物形の偏微分方程式の数値解法【Python】 - LabCode

2023/11/27 14 users 誤差 冗長化 議論 偏微分方程式 境界条件

本記事では、放物形偏微分方程式の数値解法について、分かりやすい具体例とともに掘り下げていきます。Pythonを活用したアプローチ方法を学びます。 本記事を通して偏微分方程式の数値解法の1つを会得しましょう！ 注） 差分法の一部の話だけにとどめています。誤差や境界条件などの詳細な議論は冗長化を避けるためにご... 続きを読む

【コード付き】Pythonを使った偏微分方程式の数値解法【入門】 - LabCode

2023/11/20 70 users 足がかり 偏微分方程式 Python 数値解析 入門

本記事では、偏微分方程式の数値解法の基本を、分かりやすい具体例とともに掘り下げていきます。偏微分方程式には解析的な解が存在しない場合が多いため、Pythonを活用してこれらの複雑な問題にアプローチする方法を学びます。 本記事を足がかりに数値解析の旅を始めてみませんか？ 注1） 本記事は丁寧に解説しすぎたあ... 続きを読む

【Gaussian】Avogadroを使って分子の振動や相互作用を描写しよう！計算結果から簡単解析②！ - LabCode

2023/11/08 16 users 解析 ファイル 解析結果 分子 ダウンロード

この記事は、Avogadroを使用して分子振動やIRスペクトル、QTAIM法による分子間相互作用を描写する方法についてのわかりやすく解説します。記事では、 Avogadroのダウンロードから、解析に必要なファイルの作成方法、解析結果を描写し加工するところまで解説しています。 この記事を学ぶことで、Gaussviewで行うよりも簡... 続きを読む

【QGIS】GISソフトでGoogle Earth Engineを操作する【衛星データ解析】 - LabCode

2023/11/01 58 users QGIS MacOS GIS Linux プラットフォーム

QGISとは？ QGISは、地理情報システム（GIS）のためのオープンソースソフトウェアで、地理データの閲覧、編集、分析を行うことができます。QGISは多くのプラットフォーム（Windows、MacOS、Linux）に対応しており、商用GISソフトウェアと比較しても多機能でありながら無料で利用することができます。 主な特徴としては以... 続きを読む

【R】DEseq2を用いた RNA-seq解析データの発現変動遺伝子抽出【RNA-seq】 - LabCode

2023/10/30 13 users RNA-Seq RNA-seq解析データ

RNA-seqデータ解析では、健常者と疾患患者、コントロールと薬剤刺激など、様々な発現変動遺伝子（DEG）を取得するかと思います。しかし、多変量となる遺伝子から手作業でDEGを抽出するのは大変です。 ここでは、DEGの抽出方法としてDEseq2ライブラリを用いて行う方法を解説します。 これによりRNA−seqデータから簡単にDE... 続きを読む

【気象データ】「〇〇年に一度の大雨」の算出 (確率降水量の算出)【統計解析】 - LabCode

2023/10/23 11 users 気象庁 降水量 観測結果 各地点 推定方法

気象庁は観測結果をもとに、各地点について「〇〇年に一度の降水量」を算出し、発表しています。 ある期間内に1回起こると考えられる降水量のことを確率降水量といいます。気象庁の解説ページでは、確率降水量の推定方法が解説されていますので、これに基づいて「〇〇年に一度の大雨」の値を計算してみたいと思います。 ... 続きを読む

【気象データ】「〇〇年に一度の大雨」の算出 (分布関数の当てはめ編)【統計解析】 - LabCode

2023/10/19 8 users レトリック 逸材 大雨 算出 根拠

はじめに ここ最近、大雨のニュースを見るたびに「〇〇年に一度の大雨」という表現を目にします。これは「千年に一人の美少女」や「百年に一度の逸材」といったレトリックではなく、データに基づいて統計的に算出された根拠のある数字です。 気象庁や自治体では観測結果をもとにこのような量を算出し、発表することで防... 続きを読む

【Gaussian】Avogadroを使ってHOMO-LUMO・静電ポテンシャルを描写しよう①計算結果から簡単解析！ - LabCode

2023/10/18 9 users 手順 解析結果 ダウンロード 計算結果 方法

この記事は、Avogadroを使用してHOMO-LUMO軌道や静電ポテンシャルを描写する方法についてのわかりやすく解説します。記事では、 チェックポイントファイルをfchkファイルに変換する方法から、Avogadroのダウンロードから解析結果を描写する手順まで解説しています。 この記事を学ぶことで、Gaussviewで行うよりも簡単にH... 続きを読む

【scRNA-seq】scRNA-seqデータセットを結合する方法【Seurat】 - LabCode

2023/09/20 5 users RNA-seq解析データ scRNA-seq seurat

single cell RNA-seq解析はある程度できるようになったけど、複数のデータセットを扱った解析はまだできないという方はいるのではないでしょうか。 この記事ではsingle cell RNA-seq解析の複数のデータセットを統合する方法を紹介します。 これにより、複数の実験から得られたsingle cell RNA-seq解析データを扱うことが... 続きを読む

【scRNA-seq】SeuratでscRNA-seqデータのマーカー遺伝子を特定する方法【Seurat】 - LabCode

2023/09/20 5 users scRNA-seq seurat クラスタ マー 関数

scRNA-seqデータのマーカー遺伝子の特定について SeuratにおけるFindMarkers, FindAllMarkers, FindConservedMarkers関数というマーカー遺伝子特定方法があります。それぞれ異なる目的や状況に対応するためのものです。 FindMarkers: この関数は、特定のクラスタと他のすべてのクラスタや、2つの特定のクラスタ間のマー... 続きを読む