「かつて私がパソコンで困った時助けになったのはどこかのおっさんの書いた備忘録的ブログ記事でした」→そしてまた次代のおっさんへ

2024/04/23 31 users 次代 ORCID パソコン qiita.com おっさん

Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith とある文京区のラボォです。タンパク質の立体構造とバイオインフォマティクスに興味があります。I'm interested in protein bioinformatics. ORCID: 0000-0003-0448-9790 qiita.com/ag_smith Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith かつて私がパソコンのことで困ったとき、助けになったのはどこか... 続きを読む

【RNA-seq】RaNA-seqを用いたRNA-seq発現量の定量【バイオインフォマティクス】 - LabCode

2024/02/05 11 users RNA-Seq LabCode RNA-seq解析データ

ローカル上でRNA-seq解析環境の整え方がわからない方はいませんか？また自分のPCが推奨環境のものではなく、環境依存のエラーに困っている方はいませんか？ そのような方に向けてブラウザ上でRNA-seq解析データの定量ができるRaNA-seqをご紹介いたします。 RaNA-seqを使える様になると自分のPC上でRNA-seq環境を整える必... 続きを読む

JupyterHubを活用した、いまどきの情報科学の教育環境簡単クラウド構築 (前編) | さくらのナレッジ

2022/05/24 6 users JupyterHub ナレッジ いまどき コロナ禍 さくら

AIや情報工学やバイオインフォマティクスなどの「いまどきの情報教育環境」を、JupyterHubを使って簡単構築する方法をご紹介します 4月にもなると新入学生も入り、はじめての情報科学の演習授業を開始する学校もあるかと思います。ここ数年のコロナ禍の影響もあり、演習環境の提供を、学内の演習室利用だけでなく、在宅... 続きを読む

データという水を得た魚となり情報科学の研究へ――Sansan DSOC 奥田裕樹さん (1/3)：EnterpriseZine（エンタープライズジン）

2018/10/11 23 users EnterpriseZine Sansan 熱量 リアリティ

生物学の視点から漁業管理を学びデータ分析に足を踏み入れ、バイオインフォマティクスを研究、現在はSansanにて自然言語や機械学習を研究している奥田裕樹さん。データサイエンティストとして成長していくリアリティが見えてくる。 生物学にデータ分析が加わり研究への熱量が増加 Sansan Data Strategy & Operation Cent... 続きを読む

バイオインフォマティクスをこれから始める人のためのコマンドライン講習会

2017/08/23 14 users コマンドライン ハンズオン Linux 共催 Excel

コマンドライン講習会 バイオインフォマティクスをこれからはじめる超初心者向けに Linux/Mac のコマンドラインの使い方を学ぶハンズオンの講習会を開催します。 東京大学大学院新領域創成科学研究科・文部科学省研究費新学術領域研究『生命科学系３分野支援活動』共催 はじめに 超並列ＤＮＡシークエンサーの登場など、生物学ではハイスループットな測定装置の登場が相次いでいます。 生物学では Excel で... 続きを読む

Rubyが切り開く科学の未来 - ほげほげにゃ

2014/12/14 227 users Ruby 科学 未来 先述 黎明期

2014-12-13 Rubyが切り開く科学の未来 この記事はRuby Advent Calendar 2014の13日目の記事です。 初めに Rubyを教育・研究に使おうという試みはRubyの黎明期からありました。 この時期の有名なパッケージとしてはバイオインフォマティクスのBioRubyや地球科学の電脳Rubyプロジェクトが有名です。 先述のBioRubyやGPhys(電脳Rubyの成果物)は... 続きを読む

MLAC2013 数式を使わずイメージで理解するEMアルゴリズム - Wolfeyes Bioinformatics beta

2013/12/15 88 users 数式 EMアルゴリズム SVM ニューラルネット イメージ

はじめに Machine Learning Advent Calendar 2013の15日目を担当する@yag_aysです．専門はバイオインフォマティクスという計算機を使って生物学をする分野で，生モノではなく遺伝子の文字列相手に格闘している大学院生です．今回は初心者の人を対象に，なるべく数式を使わずにEMアルゴリズムについて解説してみたいと思います． EMアルゴリズムは，SVMやニューラルネット... 続きを読む

RNA-Seq とマイクロアレイでの変動遺伝子の比較方法について（１） - ほくそ笑む

2011/02/21 20 users RNA-Seq バイオ 解析結果 結果 おもしろいこと

NGS僕はバイオインフォマティクスの会社に勤めているんですけど、統計関係の仕事をしています*1。なので、たまにバイオの人から統計関係の相談を持ちかけられることがあります。今回、ちょっとおもしろいことを相談されて、頭を悩ませたので、ここで紹介しようと思います。RNA-Seq v.s. マイクロアレイ今回相談されたことというのは、RNA-Seq の解析結果とマイクロアレイの解析結果で、同じような結果が... 続きを読む

幻影随想: SPA!のトンデモ記事および池田一等陸佐の免疫学に対する無知を切る

2010/01/19 196 users 幻影随想 SPA 無知 サイエンストピックス 免疫学

はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(122) 宇宙開発・天文ニュース(78) サイエンストピックス(55) バイオニュース(153) バイオインフォマティクス(14) バイオトピックス(38) バイオツール(4) 時事問題(106) 疑似科学･ニセ科学･オカルト・トンデモ(168) NewsClips(31) Books(8) 雑記(42) リンク集(5) (01/20)SPA!のト... 続きを読む

幻影随想: 今年の倫理のセンター試験問題が科学哲学的に非常に面白い件について

2010/01/17 283 users 幻影随想 倫理 サイエンストピックス 科学哲学 面白い件

はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(122) 宇宙開発・天文ニュース(78) サイエンストピックス(55) バイオニュース(153) バイオインフォマティクス(14) バイオトピックス(38) バイオツール(4) 時事問題(106) 疑似科学･ニセ科学･オカルト・トンデモ(166) NewsClips(31) Books(8) 雑記(42) リンク集(5) (01/17)今年の倫理の... 続きを読む

Leo's Chronicle: ぜひ押さえておきたいコンピューターサイエンスの教科書

2009/09/21 772 users Leo's Chronicle コンピューターサイエンス

2009年9月21日 ぜひ押さえておきたいコンピューターサイエンスの教科書 僕はバイオインフォマティクスという生物と情報の融合分野で研究を行っています。東大の理学部情報科学科にいた頃は同僚のマニアックな知識に驚かされたものですが、そのような計算機専門の世界から一歩外に出ると、それが非常に希有な環境だったことに気が付きました。外の世界では、メモリとディスクの違いから、オートマトン、計算量の概念など、... 続きを読む

幻影随想: 南アフリカのAIDS事情はヤバすぎる

2009/03/26 421 users 幻影随想 南アフリカ サイエンストピックス バイオニュース

はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(121) 宇宙開発・天文ニュース(73) サイエンストピックス(53) バイオニュース(151) バイオインフォマティクス(12) バイオトピックス(38) バイオツール(4) 時事問題(103) 擬似科学･ニセ科学･オカルト・トンデモ(156) NewsClips(31) Books(8) 雑記(41) リンク集(5) (03/26)南アフリカの... 続きを読む

幻影随想: 毎日新聞がフリーエネルギー詐欺に引っ掛かっている件について

2009/03/21 242 users 幻影随想 毎日新聞 サイエンストピックス NewsClips

はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(121) 宇宙開発・天文ニュース(73) サイエンストピックス(53) バイオニュース(151) バイオインフォマティクス(12) バイオトピックス(38) バイオツール(4) 時事問題(103) 擬似科学･ニセ科学･オカルト・トンデモ(154) NewsClips(31) Books(8) 雑記(41) リンク集(5) (03/21)毎日新聞がフ... 続きを読む