【機械学習】機械学習を用いたin silico screening【AI創薬】~第2/5章 スクレイピングによる公共データベース（PDB)からの機械学習データを収集~ - LabCode

2024/01/31 30 users SCREENING LabCode スクレイピング 標的 収集

本記事はAI創薬の一つである機械学習を用いたin silico screeningについて書かれた記事です。第5章まであり、すべての内容が理解できると、目的の標的にあった薬物候補化合物を発見することができます。こちらの記事は第2章で、スクレイピングによる公共データベース（PDB)からの機械学習の学習データを収集となります。... 続きを読む

【分子ドッキング】 LZerD pairwise dockingを使ったタンパク質-タンパク質ドッキング【in silico創薬】 - LabCode

2023/07/31 7 users LabCode 分子ドッキング たんぱく質 階層 ユーザ

として保存します。2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoseも一緒に結合していますが、こちらの部分は選択しないでください。 これによって、選択部位がfocus_leptinR.pdbとして保存されます。 これらのデータはMacintosh HD/ユーザ/自分のパソコンの名前 の階層に保存されていると思います。 以上でタンパク質の下準... 続きを読む

本の虫: LLVMがWindowsのデバッグ情報フォーマットのPDBをサポート

2017/08/19 85 users ツールチェイン clang LLVM デバッグ ソフトウェア

LLVM Project Blog: LLVM on Windows now supports PDB Debug Info この数年、clangをWindowsでソフトウェア開発するための世界級のツールチェインにするために尽力してきた。このことについては、 すでに 何度も 書いてきた ことだ。LLVMは完全なABI互換を実現した（ただしバグ互換ではない）。互換性を実現するのが難しい分野にデバッグ... 続きを読む

Pythonデバッガ(pdb)とテスト(tox,pytest)についてのメモ - Programming Log

2014/06/22 118 users Git デバッガ マズイ 悲劇 Programming log

2014-06-22 Pythonデバッガ(pdb)とテスト(tox,pytest)についてのメモ Python はじめに 今までテストを書くどころかデバッガを使ったことがなかったのですが、id:Kesinさんの↓の記事を読んで、このままではマズイと思ったので勉強しました。 研究のプログラミングにおける悲劇を無くすためのGitとテスト デバッガ Pythonには標準でpdbというデバッガが付いてる... 続きを読む