【RNA-seq】RaNA-seqを用いたRNA-seq発現量の定量【バイオインフォマティクス】 - LabCode

2024/02/05 11 users バイオインフォマティクス LabCode 定量 エラー 整え方

ローカル上でRNA-seq解析環境の整え方がわからない方はいませんか？また自分のPCが推奨環境のものではなく、環境依存のエラーに困っている方はいませんか？ そのような方に向けてブラウザ上でRNA-seq解析データの定量ができるRaNA-seqをご紹介いたします。 RaNA-seqを使える様になると自分のPC上でRNA-seq環境を整える必... 続きを読む

【R】DEseq2を用いた RNA-seq解析データの発現変動遺伝子抽出【RNA-seq】 - LabCode

2023/10/30 13 users LabCode RNA-seq解析データ

RNA-seqデータ解析では、健常者と疾患患者、コントロールと薬剤刺激など、様々な発現変動遺伝子（DEG）を取得するかと思います。しかし、多変量となる遺伝子から手作業でDEGを抽出するのは大変です。 ここでは、DEGの抽出方法としてDEseq2ライブラリを用いて行う方法を解説します。 これによりRNA−seqデータから簡単にDE... 続きを読む

【Cell Ranger】NCBI SRA データをCell Ranger用に準備する方法【scRNA-seq】 - LabCode

2023/08/27 5 users NCBI scRNA-seq LabCode ダウンロード

NCBI（National Center for Biotechnology Information）が提供するSequence Read Archive（SRA）から取得したシーケンスデータでSingle cell RNA-seq解析したいと思いませんか？ この記事は、SRAを10x GenomicsのCell Rangerでデータ処理する方法を解説します。 データの取得から、FASTQファイルのダウンロード、そして... 続きを読む

RでNGS解析 ~ RNA-Seqによる遺伝子発現量データを手軽に可視化する - ここからポジティブ

2011/11/17 8 users 可視化 パッケージ名 比較 データ

19:23 | R(BioConductor)のパッケージcummeRbundについてちょいと調べた。 cummeRbundを使うと、RNA-SeqのデータからCufflinks(Cuffdiff)を使って推定した複数サンプルの遺伝子発現量を、手軽に比較・解析することができます。パッケージ名はカマーバンドと読みます。 注：cummeRbundはBioconductor2.9以上、R 2.14以上で... 続きを読む

RNA-Seq とマイクロアレイでの変動遺伝子の比較方法について（１） - ほくそ笑む

2011/02/21 20 users バイオインフォマティクス バイオ 解析結果 結果 相談

NGS僕はバイオインフォマティクスの会社に勤めているんですけど、統計関係の仕事をしています*1。なので、たまにバイオの人から統計関係の相談を持ちかけられることがあります。今回、ちょっとおもしろいことを相談されて、頭を悩ませたので、ここで紹介しようと思います。RNA-Seq v.s. マイクロアレイ今回相談されたことというのは、RNA-Seq の解析結果とマイクロアレイの解析結果で、同じような結果が... 続きを読む