【scRNA-seq】scRNA-seqデータセットを結合する方法【Seurat】 - LabCode

2023/09/20 5 users RNA-seq解析データ LabCode seurat 解析

single cell RNA-seq解析はある程度できるようになったけど、複数のデータセットを扱った解析はまだできないという方はいるのではないでしょうか。 この記事ではsingle cell RNA-seq解析の複数のデータセットを統合する方法を紹介します。 これにより、複数の実験から得られたsingle cell RNA-seq解析データを扱うことが... 続きを読む

【scRNA-seq】SeuratでscRNA-seqデータのマーカー遺伝子を特定する方法【Seurat】 - LabCode

2023/09/20 5 users seurat LabCode クラスタ マー 関数

scRNA-seqデータのマーカー遺伝子の特定について SeuratにおけるFindMarkers, FindAllMarkers, FindConservedMarkers関数というマーカー遺伝子特定方法があります。それぞれ異なる目的や状況に対応するためのものです。 FindMarkers: この関数は、特定のクラスタと他のすべてのクラスタや、2つの特定のクラスタ間のマー... 続きを読む

【Cell Ranger】NCBI SRA データをCell Ranger用に準備する方法【scRNA-seq】 - LabCode

2023/08/27 5 users NCBI RNA-Seq LabCode ダウンロード 取得

NCBI（National Center for Biotechnology Information）が提供するSequence Read Archive（SRA）から取得したシーケンスデータでSingle cell RNA-seq解析したいと思いませんか？ この記事は、SRAを10x GenomicsのCell Rangerでデータ処理する方法を解説します。 データの取得から、FASTQファイルのダウンロード、そして... 続きを読む